Het fonds PiANTRO wordt bestuurd door een bestuurscomité binnen de Koning Boudewijnstichting.
Het Bestuurscomité van het Fonds beslist over het gebruik van de middelen van het Fonds. Het legt meer bepaald de bedragen vast die worden uitgetrokken voor de initiatieven van het Fonds enerzijds, en de bedragen die worden gekapitaliseerd anderzijds. Het Bestuurscomité stelt advies- of selectiecomités samen die de actie van het Fonds eventueel kunnen begeleiden. Het duidt de begunstigden aan van het Fonds.
De samenstelling van dit comité is als volgt:

• Werner Govaerts, voorzitter en aanspreekpersoon
  afgevaardigd bestuurder van vzw Via Libra, leerkracht S.O.
  
• Chris Maryns-Van Autreve
  bestuurder van vzw Mercurius, oprichter van het Fonds
• Jan Borghs
  bestuurder van vzw Mercurius, oprichter van het Fonds
  
• Jozefien Poppe
  mede-oprichter Connect Conference, leerkracht S.O.
  
• Guido Knops
  eredirecteur bij de Koning Boudewijnstichting

Het beheer van het fonds is in handen van Siska Vanhoudenhoven, extern expert bij de Koning Boudewijnstichting.